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La Flora comprende specie endemiche locali (limonio di Optima), sicule (Astro di Sorrentino), siculo-calabre (Pigamo di Calabria, Aristolochia di Clusi, Issopo di Cosentini, Malvone d'Agrigento) e a più ampio areale (barba di becco violetta, Cardo corimboso, Euforbia cornuta, Issopo villoso, Ononide a foglie intere, Codolina meridionale, Violaciocca minore e Zaferano autunnale). Le principali fitocenosi presenti in questo territorio sono le seguenti: vegetazione degli ambienti rupestri, arbusteti a spazzaforno e Timo arbustivo, Ampelodesmeti, Ligeti, praticelli a piantaggine biancastra e vegetazione degli ambienti acquatici.
Il suolo, compreso tra il ponte ed il monte Capodarso, è costituito da rocce in prevalenza sabbiose e conglomeratiche, e manifesta una spiccata vocazione per le colture arboree, come mandorlo ed olivo. L'Imera meridionale, "corridoio ecologico", luogo di migrazione primaverile ed autunnale dell'avifauna (Airone cinerino, Garzetta Marzaiola, Codone, Folaga, Falco di Palude, Albanella reale) ospita diverse specie animali. Nidificano il Cavaliere d'Italia, l'Occhione, Il Corriere piccolo, Il germano reale, la Folaga e la gallinella d'acqua.
In alcuni fossati si trovano le tartarughe palustri mentre nei canneti i nidi della Cannaiola, del Cannareccione e del Tarabusino, ma anche Rondini e Storni. Tra i mammiferi si posono osservare il Gatto selvatico, l'Istrice, il Riccio, la Donnola il Coniglio selvatico e la Volpe mentre tra i rettili il Colubrio di Esculapio o Saettone inoffensivo, lungo anche due metri.
Sotto l'aspetto geologico la R.N.O. "Monte Capodarso e valle dell'Imera meridionale" ricade nella Sicilia centrale, sede, un tempo ormai remoto, di deposizioni saline conseguenti alla chiusura del bacino del Mediterraneo che determinò l'isolamento di quest'ultimo dall'adiacente oceano Atlantico. Le acque evaporando progressivamente causarono la deposizione, dei sali meno solubili e successivamente di quelli più solubili dando luogo alla serie evaporitica (Serie Gessoso - Solfifera). L'inizio del ciclo si manifestò con la messa in posto del Calcare di Base con all'interno considerevoli concentrazioni di zolfo e proseguì con la deposizione dei solfati di calcio (Gessi) e dei sali sodici e potassici molto solubili e per questo presenti unicamente nel sottosuolo, non essendo soggetti agli agenti atmosferici.